علمای شیعه همگی بر فضل، بزرگواری، علم، حلم و دیگر کمالات آن حضرت تصریح کرده اند و او را همچون جدش رسول خدا (ص) و علی ابن ابی طالب علیه السلام جامع خوبیها شمرده اند و علمای بزرگ اهل سنت نیز همگی بر فضیلت و برتری امام (ع) بر اهل زمان خود اعتراف کرده اند.
از ویژگی های ولادت امام نهم علیه السلام این است که شیعیان از مدتها قبل بی صبرانه منتظر ولادت آن حضرت بودند. احادیث زیادی از رسول خدا (ص) و امامان پیشین، ولادت امام جواد (ع) را خبر داده بودند. امام رضا از پدرش موسی بن جعفر (ع) و از رسول خدا (ص) نقل می کند که فرمود: پدرم فدای پسر بهترین کنیزان باد، پسر همان (زنی) که اهل «نوبه» است.
به رغم این روایات، انتظار شیعیان تا مدتها نه تنها برآورده نشد که تبدیل به نگرانی گشت؛ چون آن که آنان می دیدند بیش از ۴۵ سال از زندگانی امام هشتم (ع) سپری شده است و هنوز فرزند پسری ندارد. بیم آنان بیش تر از آن جهت بود که دستگاه جور و ستم عباسی بر آن حضرت یورش برده و قبل از آن که فرزندش شود او را به شهادت برساند. این نگرانی با تبلیغات و پخش شایعات از سوی سران واقفیه مبنی بر زنده بودن امام کاظم (ع) و غیبت آن حضرت و عقیم بودن امام رضا (ع) به اوج خود رسید به حدی که برخی نسبت به امامت پیشوای هشتم (ع) نیز دچار تردید شدند.
سرانجام مولود منتظر در شب دهم ماه رجب سال ۱۹۵ هجری به دنیا آمد. مورخان و محدثان نسبت به سال ولادت باسعادت نهمین پیشوای شیعیان، حضرت امام محمد تقی علیه السلام، اتفاق نظر دارند و همگی تولد آن بزرگوار را به سال ۱۹۵ هجری در مدینه منوره نوشته اند و به ماه و روز میلاد اختلاف نظر دارند.
هنگامی که بارداری «خیزران» معلوم شد، «حکیمه» دختر موسی بن جعفر (ع) ، خدمت برادرش امام رضا (ع) نامه ای نوشت و آن حضرت را از این امر مطلع ساخت. وقتی که فرزند به دنیا آمد امام هشتم (ع) طبق سنت حضرت رسول خدا (ص) و پدرانش علیهم السلام امام جواد (ع) را تحنیک (جویدن خرما و مالیدن آن به کام نوزاد است که رسول خدا (ص) نسبت به نوزادان انجام می داد) کرد و در گوش راست او اذان و در گوش چپش اقامه گذاشت. آن حضرت آن شب را تا صبح در کنار گهواره فرزندش بود و با او نجوا می کرد و اسرار الهی و علوم غیبی را به او تعلیم می داد. حضرت رضا (ع) در همان شب ولادت، شیعیان را از تولد فرزند خود آگاه کرد و فرمود: حق تعالی به من پسری عنایت کرد که چون موسی بن عمران شکافنده دریاهاست و نظیر عیسی بن مریم (ع) است که حق تعالی مادر او را مقدس و مطهر گردانید و طاهر و مطهر آفریده شده بود. با شنیدن این خبر دل شیعیان شاد، چشم آنان روشن و نگرانی ایشان برطرف شد و خدا را بر این نعمت سپاس گفتند.
با ولادت آن گرامی، دشمنان و بدخواهان به ویژه واقفیه مایوس و ناکام شده از موضع خود عقب نشستند و دوستان و شیعیان شادمان شدند و شک و تردید آنان به یقین و استواری ایمان تبدیل گشت و به همین دلیل پدر بزرگوارش فرموده است: «این مولود، مولودی است که در اسلام، پربرکت تر از او برای شیعیان ما زاده نشده است».
امام هشتم شیعیان، نام مولودش را به نام جدش رسول خدا (ص) محمد گذاشت. زیرا در صحیفه ای که از آسمان نازل شده بود، آن حضرت، کنیه ابوجعفر را برای فرزندش انتخاب کرد و همواره او را با این کنیه می خواند و چون در نام و کنیه با پیشوای پنجم امام محمد باقر (ع) مشترک بود، نزد مورخان و محدثان به ابوجعفر ثانی مشهور گشت. کنیه دیگر و غیر مشهور آن حضرت ابوعلی است که به مناسبت فرزند گرانقدرش علی النقی بر آن حضرت گذاشته بودند. در کتاب های تاریخ و حدیث لقبهای زیادی برای پیشوای نهم (ع) ذکر شده است از جمله: تقی، جواد، مرضی، متوکل، متقی، زکی، متجب، مرتضی، قانع، عالم ربانی، رضی، مختار، صادق، صابر و فاضل. همچنین در میان شیعیان و اهل سنت به لقب باب المراد مشهور بود، زیرا حاجت های مردم را بسیار برآورده می ساخت و کرامتهای بیشماری از آن حضرت دیده شده.