حضرت جوادالائمه علیه السلام زمان کوتاه زندگی پربرکت خود را با انبوهی از مشکلات فرهنگی، عقیدتی و سیاسی روبه رو بود، از طرفی از همان اوان امامت و به ظاهر کودکی گروهی در امامت او – به خاطر خردسالی – به دیده تردید نگریستند، از اینرو به پاسخ هزاران مساله مردم پرداخت و همه را جواب گویا، کافی، در خور شان، قانع کننده، برهانی و قاطع داد. از جمله: علی بن اسباط گوید: وقتی حضرت جواد علیهالسلام خارج شد، نگاه به اندام، سرو پاهای او کردم تا چهره و ویژگیهای او را برای یارانم در مصر توصیف کنم، در این فکر بودم که گویا ایشان متوجه اندیشه من شد، بر زمین نشست و فرمود: ای علی بن اسباط حقتعالی برای امامت، نیز، همان استدلال های نبوت را آورده است، او درباره حضرت یحیی علیه السلام فرمود:
«…و آتیناه الحکم صبیا» (مریم/ ۱۲).
ما به یحیی علیه السلام درحال کودکی فرمان نبوت دادیم، و درباره حضرت یوسف علیه السلام فرمود:
«و لما بلغ اشده آتیناه حکما و علما…» (یوسف/ ۲۲).
و چون به سن رشد و بلوغ رسید، به او حکم نبوت و علم دادیم، و درباره حضرت موسی علیه السلام می فرماید:
«…حتی اذا بلغ اشده و بلغ اربعین سنه…» (احقاف/ ۱۵).
و چون به سن رشد و بلوغ رسید و چهل ساله شد، به پیامبری رسید، بنابراین آن گونه که ممکن است خداوند علم و حکمت را در سن چهل سالگی عطا کند همان گونه می تواند در سن کودکی ببخشد (۸).
از طرف دیگر چهره دروغین «واقفیه» را برملا ساخت.
از ناحیه سوم با متکلمان به ویژه معتزله که یک گروه بزرگ اعتقادی بودند، به بحث پرداخت.
از سوی چهارم با جاعلان و سازندگان حدیث به ویژه پیرامون خلافت و ولایت به مناظره نشست.
از سوی پنجم با دانشمندان، بزرگان و قضات چون یحیی بن اکثم ها که خود را از فقهای زبردست می دانستند، به گفتگو، کاوش و استنباط پرداخت و بر همگان باجواب های شافی و استدلال متین برتری خویش و مذهب خود را ثابت ساخت، برکات وجودی این امام همام بر مذهب شیعه ارزنده، چشمگیر، فراموش ناشدنی است و بر تارک آئین راستین می درخشد.
یحیی صنعانی گوید: امام رضا علیه السلام درحالی که موز را از پوسته جدا می ساخت و به ابوجعفر می خوراند، فرمود: ای یحیی این همان مولودی است که در اسلام مولودی از او بابرکت تر و مبارکتر برای شیعیان به دنیا نیامده است (۹).
سرانجام بر اثر همین مجاهدت های فرهنگی و اظهارنظرهای راستین عقیدتی و مذهبی به شهادت رسید.
زرقان دوست ابوداوود قاضی گوید: روزی قاضی از مجلس معتصم اندوهناک به خانه آمد از سبب اندوهش پرسیدم، گفت: امروز از جهت ابوجعفر محمد بن علی چنان بر من سخت گذشت که آرزو کردم ای کاش بیست سال قبل فوت کرده بودم، گفتم: مگر چه شده؟ گفت: در مجلس خلیفه معتصم بودیم دزدی را آورده خواستند بر او حد جاری کنند، فقهاء و علما در مجلس او جمع شدند از جمله محمد بن علی علیهما السلام خلیفه از ما پرسید دست دزد را از کجا باید برید؟ من گفتم: باید از بند دست قطع کرد، گفت: با چه دلیل؟ گفتم به جهت آیه تیمم «فامسحوا بوجوهکم و ایدیکم» زیرا در این آیه خداوند دست را بر کف دست اطلاق کرده است، برخی گفتند: باید دست او از مرفق و آرنج قطع گردد، استدلال آنان به آیه وضو «و ایدیکم الی المرافق» بود، پس دست تا مرفق است، سپس معتصم متوجه حضرت امام محمدتقی علیه السلام شد و گفت: شما چه می گوئید؟ فرمود: حاضران گفتند و تو شنیدی. گفت مرا با گفته ایشان کاری نیست تو چه می دانی بگو. حضرت فرمود: مرا معاف دار، خلیفه او را سوگند داد که البته باید بگویی حضرت فرمود: حد سرقت آن است که چهار انگشت دزد را قطع کنند و کف او را بگذارند،. گفت: به چه دلیل؟ فرمود: بدین جهت که رسول خدا صلی الله علیه وآله فرموده است در سجود باید هفت موضع به زمین برسد که از آن جمله دو کف دست است، پس اگر دست دزد از کف یا از مرفق بریده شود، کفی بر او باقی نمی ماند و مواضع سجده، حق خداست و کسی را بر آن حقی نیست چنان که فرموده است: «و ان المساجد لله» معتصم کلام آن حضرت را پسندید و امر کرد دست دزد را از همانجا که حضرت فرموده بود، قطع کردند.
زرقان گوید: قاضی ابوداوود پس از سه روز نزد خلیفه رفت و پنهانی به وی گفت: خیرخواهی خلیفه بر من لازم است و امری که چند روز قبل واقع شد، مناسب دولت خلیفه نبود زیرا در چنین مجلسی که وزراء، مستوفیان، امراء، اکابر، اشراف و سران لشگر همه حضور دارند، خلیفه از کسی که نصف اهل عالم او را امام و خلیفه می دانند و خلیفه را غاصب حق او می شمارند و… سؤال می کند و او برخلاف همه علماء و فقهاء فتوا می دهد با این وجود خلیفه فتوای همه را ترک کرده و به گفته او عمل می کند، این خبر در میان مردم منتشر شد و حجتی شد برای شیعیان و موالیان او، معتصم چون این سخنان بشنید رنگش متغیر شد و تنبهی برای او حاصل گشت و گفت: خدا تو را جزای خیر دهد که مرا آگاه کردی بر امری که از آن غافل بودم (۱۰).
از اینرو به فکر قتل آن حضرت افتاد و بنا به نقلی او را به مهمانی دعوت کرد و به وسیله غذا او را مسموم ساخت، و به نقل دیگر ام الفضل دختر مامون عباسی که زوجه آن حضرت بود از طرف معتصم مامور قتل او شد، وی به وسیله انگور آن حضرت را شهید کرد.
در روز شهادت آن حضرت دو نقل وجود دارد یکی: آخر ذیقعده سال ۲۲۰ و دیگری ۶ یا ۷ ذیحجه سال ۲۲۰ (۱۱) اما قول اول (آخر ذیقعده ۲۲۰) مشهور و برابر است با هفتاد و هفت هزار و نهصد و سی و یک (۷۷۹۳۱) روز از گذشت مبدا هجرت و مطابق است با چهارشنبه یازدهم مرداد سال ۲۱۴ (۱۱/۵/۲۱۴) شمسی، بنابراین مدت عمر ایشان ۲۵ سال و مدت امامتشان ۱۷ سال است .
